В 1730 году по указу Петра I открылась первая частная аптека между Фроловским и Петропавловским монастырями. Создал аптеку немецкий фармацевт Йоган Гейтер, а вошла она в историю - под именем Аптека Бунге (так звали зятя Йогана Гейтера, который сделал популярным это учреждение). Предназначалась для военных нужд и профилактики эпидемий холеры и чумы. На протяжении 40 лет, до 1770 года, оставалась единственной частной аптекой в городе Киев.

В 1986 году аптека открыла свои двери как музей фармацевтики и аптечного дела. Со всей Украины специально собирались экспонаты - баночки, медицинская посуда и принадлежности, мензурки, аптечные весы, кассовый аппарат, рецепты приготовления старинных лекарств, заспиртованные твари.

В подвале музея-аптеки воссозданы хата знахарки и комната алхимика.